知网查重系统中，当脚注内容被标绿时，意味着系统认为这部分内容存在抄袭嫌疑。处理方法包括：1.检查脚注内容是否与其他文献相似；2.修改脚注内容，避免与其他文献雷同；3.重新提交论文进行查重。

查重脚注被标绿通常是因为脚注内容与其他文献相似度较高，可能存在抄袭嫌疑。在处理时，建议作者仔细核对脚注内容，对于与他人观点相同的部分进行适当修改，确保论文的原创性和学术诚信。同时，重新提交论文进行查重，确保论文通过知网查重系统的审核。