旗舰版查重是一款专业的文本查重工具，主要用于检测论文、作业等文本的原创性。其特点在于检测速度快、准确率高，支持多种文本格式，具有自主研发的查重算法。而知网查重是知网公司推出的一款文本查重产品，主要应用于学术领域，包含了大量的学术文献数据库，能够对文本进行全面比对。区别在于旗舰版查重更注重实时性和用户体验，而知网查重则更注重数据源的全面性和权威性。

旗舰版查重与知网查重虽然都是文本查重工具，但在具体功能和应用场景上有所不同。旗舰版查重适用于个人用户、教育机构等需要快速查重的用户群体，而知网查重则更适合学术研究人员、科研机构等需要对文献进行深度比对的用户。总的来说，选择使用哪种查重工具取决于用户的具体需求和使用习惯。